海外拠点
教育、研究、広報及び国際貢献等の活動を推進することを目的として、海外拠点を設置しています。
東京科学大学－ガーナ大学・野口記念医学研究所共同研究センター
ガーナ共和国及び西アフリカ地域における、新興・再興感染症の国際共同研究を行っています。
チュラーロンコーン大学と連携し、教育活動を実施しています。
チリ大学と連携し、教育研究活動を推進しています。
Science Tokyo-MU Partnership Siriraj Office
マヒドン大学シリラート病院と連携し、教育活動を推進しています。
タイ国立科学技術開発庁（NSTDA）等と連携し、国際的な教育活動，広報活動，研究活動を戦略的に推進しています。
アーヘン工科大学等と連携し、国際的な教育活動，広報活動，研究活動を戦略的に推進しています。
米国西海岸地区の大学・研究機関等と連携し、国際的な教育活動，広報活動，研究活動を戦略的に推進しています。
東京科学大学フィリピンオフィス／PHILIPPINES OFFICE
短期派遣プログラム、語学研修プログラムなどの学生交流支援や本学の情報発信を展開しています。
清華大学との大学院合同プログラムの運営支援や、本学の教育研究活動の情報発信を行っています。
東京科学大学エジプトE-JUSTオフィス／EGYPT E-JUST OFFICE
「エジプト日本科学技術大学（E-JUST）」プロジェクトにおいて、総括幹事大学として積極的な支援を行っています。
世界各地との連携
世界各地で、様々な活動を実施しています。